Оба варианта корректны.
Обстоятельство иногда в принципе может быть отнесено как к обеим частям, соединенным союзом да (здесь он имеет значение «и»), так и только к первой из них. Впрочем, во втором случае логично было бы ожидать в начале второй части какое-либо другое обстоятельство, например: Иногда над головой пролетала с пугливым кряканьем утка, да постоянно слышно было, как...
В литературном языке употреблять слово пользовать вместо использовать некорректно.
Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
Верно: содержатся в продолжении инструкции (в знач. "в следующей части").
Корректно: в районном детском саду.
См. ответ на вопрос № 256990.
Верно: кальмары жареные в томате (сначала пожарили, затем добавили томат); кальмары, жаренные в томате (прямо в томате их и жарили).
Если далее нет номера, нужно склонять: в соответствии со СНиПом.