Ваше предположение верно. Запятая в указанной позиции нужна, чтобы закрыть придаточную часть внутри главной.

В теории сложного предложения не говорится прямо, но подразумевается по умолчанию, что это явление моносубъектной речи. Суть сложного предложения в том, что говорящий (один и тот же!) или вынужден, или предпочитает выразить свою мысль не одним, а двумя (или более) простыми предложениями, грамматически связанными между собой при помощи специальных средств связи (ср.: Маша была довольна приездом брата. — Маша была довольна тем, что приехал брат).

В конструкции же с прямой речью соединяется речь двух субъектов: говорящего и того лица, чьи слова он передает. Никаких специальных средств связи, свойственных сложному предложению, в конструкции с прямой речью нет и быть не может. Прямая речь присоединяется к так называемым словам автора механически и отделяется от них интонационно и пунктуационно. Поэтому конструкция с прямой речью не образует сложного предложения, и поэтому говорят, что прямая речь осложняет простое предложение. Это далеко не удачная формулировка, но лучше пока никто не придумал.

Вы правы, хотя — это союз, а после союза запятая не ставится.

В Вашем предложении тире – наиболее подходящий знак. Запятая возможна.

Подравняться - стать равным, одинаковым, напр.: зарплаты сотрудников подравнялись; подровняться - расположиться в ряд, по прямой линии, напр.: бойцы подровнялись  (встали ровно).

Слова "при этом" не используются как вводные.

Постановку тире можно объяснить тем, что первая часть предложения образована именительным темы. Обратите внимание, что пояснительный оборот требует обособления запятыми: Стиль модерн, или новый стиль, — так чаще всего называли в России направление в искусстве.

Употребление слова азбука в значении "книга для начального обучения грамоте" возможно в том числе в контексте, связанном с языками, алфавиты которых не основаны на кириллице. Ср. также: нотная азбука, азбука Морзе.

Знаки препинания стоят верно.

Верно: натренированы.