В «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина сказано, что обороты с предлогом наряду с обязательно обособляются при расположении между управляющим словом и управляемым. Другие нормативные руководства не столь категоричны. Так, в «Справочнике по пунктуации» В. М. Пахомова, В. В. Свинцова, И. В. Филатовой определяется, что возможно невыделение оборота, находящегося не в начале и не в конце предложения, хотя обычно такие обороты обособляются. Поэтому можно вслед за авторами этого справочника сказать, что окончательное решение принимает пишущий.

Вы правы, в глаголе понимать и в производном от него существительном понимание (именно это существительное входит в задание) корень с чередованием. См. соответствующую словарную статью в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Точка в конце предложения ставится. Но читатель должен понимать, что она не относится к адресу сайта (в этом случае ссылку можно сделать активной или, если речь идет о печатном издании, подчеркнуть ее).

Для ответа на этот вопрос необходимо понимать, какими отношениями связаны признаки альтернативности и обязательности: альтернативно-обязательные (альтернативные и при этом обязательные) или альтернативно обязательные (альтернативно — то есть в каком отношении — обязательные). 

Увы, это вопрос не к лингвистам, а к разработчикам автоматизированной системы тестов. Вероятно, проще всего не ставить знаки препинания в конце элементов перечня, но нужно понимать, что это будет нарушением норм оформления текста. 

Выражение мой дом — мои правила подразумевает, что хозяин дома вправе устанавливать, каких норм должны придерживаться все, кто находится на его территории. Выражение можно понимать также и расширительно — например, о хозяине положения.

Соответствующее решение должен принять автор текста.

Если предложение нельзя редактировать, то нужно разделить его на два: Поэтому надо правильно понимать: ты работаешь в «Метрополисе», или «Пятёрочке», или другой организации. Не путаться самому и не путать других.