Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Да, все так. При этом буква я обозначает два звука: [jа], где j принадлежит основе трамваj-, [а] — окончанию.

Запятая нужна: Я больше не хочу жить, как сейчас, а как хочу — не понимаю и не чувствую…

Запятые нужны: Пусть ребенок спросит себя: «Что, если бы я мог сняться в фильме?», «Что, если бы у меня были крылья и я мог летать?» или «Что, если бы эту работу нужно было написать за два дня?»

Если предложение обрывается, запятую также следует поставить: Что, если?..

В этом случае корректно с запятой либо с тире, выражающим неожиданное присоединение: Подавай сюда деньги — или я тебя взашей прогоню!

См. в окне «Искать на Грамоте».

Если перед подчинительным союзом или союзным словом есть частица не, то запятая между главной и придаточной частью не ставится (см. пункт б) параграфа 115 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Я хотел узнать не что он сделал, а что он начудил.

Корректная пунктуация: Я могу выявлять задачи и страхи клиента, понять, где боль, и сформировать стратегию продажи под потребности. Но стилистически предложение небезупречно.

Если автор или редактор/издатель вставляет в цитату свой текст, поясняющий в ней предложение либо отдельные слова, то этот текст помещают в квадратных (прямых) или угловых скобках: "Я просто думал, что они опубликуют [только] свою часть", — сказал он или "Я просто думал, что они опубликуют <только> свою часть", — сказал он.