В подобных случаях название города обычно играет роль подлежащего, а сочетание, указывающее на статус города, является приложением. По умолчанию между ними не требуется знак препинания: Столица России Москва вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья. Если автор полагает, что адресату неизвестен статус Москвы, то приложение столица России приобретает поясняющий оттенок, и тогда нужно руководствоваться пунктом 3 примечания к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя и поставить одиночное тире: Столица России — Москва вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья. Если же условия контекста таковы, что статус города важнее, чем его название, то это название является поясняющим приложением: Столица России, Москва, вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья.

1. Пунктуация верна. Оборот в соответствии с п.1.3 Постановления Правительства РФ от 3 ноября 1994 г. N 1233 «Об утверждении положения о порядке обращения со служебной информацией ограниченного распространения в федеральных органах исполнительной власти и уполномоченном органе управления использованием атомной энергии» можно выделить запятыми. Объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".

2. Если слово так употребляется в значении "таким способом, такими словами", то пунктуация верна. Если так – вводное слово со значением "например", то после него ставится запятая.

1. Названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы только в текстах официальных документов.

2. Заявлено намерение создать наградной фонд для поощрения ученых. Слово наградной следовало бы написать с прописной буквы, если бы с него начиналось официальное название фонда. Ср.: Указом президента создан Наградной фонд для поощрения ученых.

3. В Москве прошла международная конференция «Чтения имени Галимджана Баруди». В прошлом году чтения были посвящены…

4. Если это официальное название, то правильно: Всемирная ассоциация по сближению… В ассоциацию по сближению входят…

Словари фиксируют и такое значение слова подворотня: "проем в стене дома для проезда, прохода во двор" (разг).

Поравнявшись с своим домом, он кивнул головой Лебезятникову и повернул в подворотню. Достоевский, Преступление и наказание.

В подворотнях, в глубоких арках под домами упрямо держится зыбкий сумрак, забивается подальше во дворы. Тендряков, Свидание с Нефертити.

Иностранные имена на согласный звук склоняются независимо от того, употребляются ли они самостоятельно или вместе с фамилией, например: романы Жюля Верна (не Жюль Верна), рассказы Марка Твена, книга Пьера-Анри Симона. См.: Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (7-е изд. М., 2010). Опираясь на это правило, можно рекомендовать склоняемый вариант: мюзиклы Эндрю Ллойда Уэббера. 

Что касается дефиса: в английском языке все три слова в имени композитора пишутся раздельно. Но есть и вариант  барон Ллойд-Уэббер. Так что если Ллойд и может присоединяться дефисом, то не к Эндрю, а к Уэбберу. Но мы можем рекомендовать раздельное написание, опираясь на словарную фиксацию: в «Толково-энциклопедическом словаре» (СПб., 2006) зафиксировано: Ллойд Веббер (Ллойд Уэббер) Эндрю.

Нужно задать этот вопрос автору текста - что он имеет в виду. Может быть, следует фразу перестроить (использовать слово "поэтому", например).

Вы правы, запятая нужна.

Названия букв латинского алфавита (икс, игрек, зет и т. д.), греческого алфавита и других алфавитов склоняются в русском языке. Рекомендация не склонять такие названия в составе формул может быть обусловлена необходимостью точного и однозначного прочтения формулы. Полагаем, что в таких контекстных условиях несклонение возможно (но не обязательно!).

Объяснение правильное. Союз и соединяет однородные сказуемые шли и качали (волны шли и качали камушки), поэтому запятая перед ним не ставится.

Написание в кавычках со строчной буквы корректно.