Формулировка «текущий контроль успеваемости проводится по каждой теме учебной дисциплины» не указывает явно, сколько раз должен проводиться контроль.
Например: Сколько стоит?
Если использовать форму в. п., то правильно: на двух львов больше (лев - одушевленное существительное). Но и фраза "Львов на два больше, чем тигров" вполне корректна.
Лучше: Сколько процентов подавших жалобу удалили программу?
Так сколько договоров - один или несколько?
Запятая перед только нужна.
Союзная конструкция: не только... но и.
Запятая не ставится. Вместо "благодаря ошибкам" лучше "из-за ошибок".
Корректно: Чего он только не делал!
Слово несколько является местоименным числительным и обозначает, как сообщают словари, неопределенное количество чего-либо; см. описание слова несколько в «Большом толковом словаре русского языка» (гл. ред. С. А. Кузнецов). Следовательно, фраза в несколько раз подразумевает варьируемое количество. Если читателю по какой-либо причине потребовалось уточнить это количество, то нужно поискать подсказки в контексте, возможно, они обнаружатся. Автору текста, намеренному быть точным в выражении своих мыслей, подобные фразы использовать не рекомендуется.