Частица ка употребляется после глаголов в форме 1-го лица ед. и мн. числа буд. времени изъяв. наклонения. В первом случае она выражает обращенное к себе побуждение к действию, напр.: Или нет, расскажу-ка я вам лучше, как я женился (Тургенев И. С. Гамлет Щигровского уезда). Во втором употребляется для устранения категоричности выражаемого глагольной формой побуждения к совместному действию говорящего и собеседника, напр.: «Пойдем-ка на пару слов, Люба», ― позвал Егор (Шукшин В. Калина красная).

Обстоятельство в отдельной палате, примыкающее к сказуемому провела, ослабляет связь между этим сказуемым и сравнительным оборотом как в санатории, поэтому запятая перед ним требуется: Следующие дни я провела в отдельной палате, как в санатории. Но: Следующие дни я провела как в санатории.

Выделяется полностью присоединительный оборот со словом например: В его лаборатории имеются образцы змеиного яда, например кобры, но я не помню... 

Запятая нужна: Довольный, я съедаю много. 

Определительные обороты, относящиеся к личному местоимению как в именительном, так и в косвенных падежах, выделяются запятыми , независимо от места расположения: Совершенно убитый, он вынужден прервать визиты и вернуться домой (Нагиб.); Он, трижды молодой, ждал от жизни всего, но этого письма никак не ждал (Шукш.); Мы, привыкшие к беспредельному морскому шуму, были даже подавлены этой тишиной (Пауст.). 

Пауза не является достаточной причиной для постановки запятой. В этом случае можно поставить многоточие: Тогда... можно я спрошу у вас кое-что?

Частица все же не требует постановки знаков препинания: Идея автора неплоха, но я все же за то, чтобы изменений не вносить.

Не обособляются распространенные определения, стоящие после существительного, если последнее само по себе в данном предложении не выражает нужного смысла и нуждается в определении.

Таким образом, первая запятая не требуется: Будучи человеком наделенным кое-какими способностями, я по совету академика стал записывать мысли, приходящие мне в голову.