В годы советской власти сочетание Совет Министров  было официальным названием высшего исполнительного и распорядительного органа государственной власти – и в СССР, и в РСФСР. Этим и объясняется написание обоих слов с прописной буквы. Поскольку действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году, неудивительно, что в них тоже отмечено написание Совет Министров. Такого написания следует придерживаться, если речь идет о советской эпохе.

Правильно написание Совет Министров и в том случае, если имеется в виду официальное название высшего органа исполнительной власти какого-либо государства, например: Совет Министров Республики Беларусь.

Однако как неофициальное название высшего государственного органа (как синоним слова правительство) правильно написание Совет министров. Невозможно написание слова министров  с прописной, если речь идет о российском правительстве, поскольку в нашей стране официальное название высшего органа исполнительной власти – Правительство Российской Федерации.

Ко всему прочему -  вводное выражение, то же, что «кроме всего прочего, наконец». Выделяется знаками препинания, обычно запятыми.

Людям было неудобно, жарко, ко всему прочему, самого старого, совершенно седого генерала с планкой четырех орденов Красного Знамени и знаком «Почетный чекист» на габардиновом кителе в душновато-спертом, пахнувшем сеном воздухе стодолы сразу же охватило астматическое удушье. В. Богомолов, Момент истины.

В функции членов предложения эти слова не требуют постановки знаков препинания.

Вообще не сообразишь, за каким краем света находишься: ясно только, что вверх ногами ко всему прочему человечеству. М. Веллер, Ножик Сережи Довлатова. Но женщина бывает сострадательна, нежна, честна, справедлива только с тем, кого любит, и безжалостна ко всему прочему. И. Гончаров, Обрыв.

Слова «ко всему прочему» в значении «кроме всего» выделяются знаками препинания непоследовательно, ср.: Но еще ко всему прочему знаете что я подумал перед самым мгновением этим?.. Ю. Герман, Дорогой мой человек.

Правило таково: «К уточняющим обстоятельствам относятся названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., а также указания в адресах: В деревне Уваровке, Петровского района, Калужской области, состоялся праздник урожая; Посёлок Новые Горки, Щёлковского района, Московской области, находится недалеко от станции Болшево; Москва, улица Плющиха, д. 38, кв. 2. Но: Школа № 4 Талдомского района Московской области — необособленное несогласованное определение» («Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 22.1). Таким образом, первое предложение корректно оформить так: Лужичане – это небольшое славянское сообщество, которое живёт на юге Берлина в Шпревальде, в Бранденбурге. Что касается второго предложения, то нужно повторить предлог из в уточняющем обороте, а название страны, грамматически не связанное с остальным предложением (находящееся в начальной форме) заключить в скобки: Она из Красноярского края, из посёлка Таёжный (Россия).

«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила

   И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.

В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила,

   И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли. 

Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом. 

Подлежащее, присоединяемое сочетанием а затем и, связано со сказуемым, что проявляется, например, в форме числа этого сказуемого. Так, в одном из приведенных Вами примеров сказуемое одобрили явно относится не просто к первому подлежащему кабинет министров, а к соединению двух подлежащих — кабинет министров, а затем и парламент; запятая после подлежащего парламент нарушает синтаксическую связь между ним и сказуемым.

В параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя есть правило: «После однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Всеобщая грамотность населения, а также широкая пропаганда научных знаний должны способствовать неуклонному росту культуры в нашей стране; Бывает трудно, а то и невозможно сразу разобраться в подобной ситуации». Союзное соединение а затем и выражает те же отношения факультативного присоединения, что и а также и а то и, поэтому правило можно применить и здесь.

То ли ... то ли – это повторяющийся разделительный союз. См. Объяснительный словарь русского языка: Структурные слова (М., 2002).

Употребление слов супруг и супруга в обычной речи не приветствуется, но не столько из-за того, что будто бы свидетельствует о каком-то делении на «высшие» и «низшие» касты, сколько из-за того, что такое употребление противоречит стилистической норме современного литературного языка, придаёт речи манерность, некоторую слащавость и квалифицируется рядом лингвистов как проявление «речевого мещанства».

Раньше слова супруг и супруга таких стилистических оттенков не имели, ср. строки из «Евгения Онегина» (стихи Ленского к Ольге):  «Сердечный друг, желанный друг, Приди, приди: я твой супруг!..». Однако в современной речи слова супруг и супруга носят официальный характер (в официальной хронике можно встретить такое сочетание: супруга президента посетила...).  В обычной же речи корректно употребление слова супруги во множественном числе по отношению к паре: молодые супруги, супруги Ивановы. А вот в единственном числе в обычной речи употребление этих слов расценивается как дурной тон: таких выражений, как мы с супругой (супругом), мой (моя) супруг (супруга) следует избегать и говорить мы с мужем / женой, моя (мой) жена (муж).

Объяснение из Вашего учебника ближе к истине, чем объяснение Р. П. Рогожниковой, хотя оно также довольно путаное: дело в том, что союз И функционирует здесь именно в составе оборота И В ЧАСТНОСТИ, поэтому нельзя рассматривать по отдельности пунктуацию при союзе И и пунктуацию при словах В ЧАСТНОСТИ.

В действительности слова в частности могут выступать в обстоятельственном значении (как наречие "особенно, отдельно"), и в этом случае их не нужно обособлять, например: Я рассказал о поездке в целом и о достопримечательностях Москвы в частности.

Однако гораздо чаще слова в частности употребляются как вводные. При этом разграничивают два случая употребления вводных слов: 1) в составе обособленного оборота (в данном случае - уточняющего): Многие страны, и в частности Алжир, нуждаются в экономической помощи... 2) в качестве самостоятельного вводного выражения: В книге помещен, в частности, интересный очерк о жизни и деятельности ученого.

Как можно заметить, именно последние два случая и нуждаются в разграничении. Как лучше их разграничивать в учебных целях - вопрос методический, вопрос открытый.