Рекомендаций для подобных случаев в справочниках по правописанию пока нет. Из предложенных Вами вариантов лучше второй. Он выглядит диковинно, но не искажает названия, как в первом варианте. Однако более предпочтительным представляется написание без знака препинания: А ты «Мертвые души» то читал?  Когда приставка или часть сложного слова, требующая слитного написания, присоединяется к словосочетанию, она пишется раздельно. Ср.: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области. Это правило можно распространить и на написание постфикса то, присоединяемого к словосочетанию. 

Спасибо за очень интересный вопрос. Мы передадим его в Орфографическую комиссию РАН.

Если мы верно поняли смысл предложения, то знаки препинания в нем должны быть расставлены следующим образом: Дома, ты говоришь, никого нет или я ошибаюсь? Это сложное предложение состоит из трех простых. Запятыми выделяется предложение ты говоришь, связанное бессоюзной связью и стоящее внутри предложения дома никого нет. Предложения дома никого нет и я ошибаюсь связаны сочинительной связью, при помощи союза или. Запятая перед соединительными и разделительными союзами в сложносочиненном предложении не ставится, если в его состав входят вопросительные предложения (их объединяет вопросительная интонация): Который теперь час и сколько времени осталось до отхода поезда?; Когда состоится конференция и какова повестка дня?; Вы придёте ко мне или мне прийти к вам?

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Начиная со второй минуты означает 'с момента, когда вторая минута началась'; начиная с третьей недели — 'по прошествии двух недель'.

В общем случае такие слова пишутся строчными буквами - почетная грамота, благодарность, благодарственное письмо. При этом в отдельных документах встречается употребление прописной буквы.

Можно рассуждать так. Кондиционер - устройство для кондиционирования воздуха. Кондиционировать - значит доводить до кондиции, до определенной нормы. К числу нормируемых параметров воздуха может относиться влажность. Следовательно, установки, предназначенные для увлажнения воздуха (приведения его к определенной норме по влажности), могут в каких-то случаях называться кондиционерами. Однако если такие установки только увлажняют, но не приводят к норме иные значимые показатели, такое словоупотребление может оказаться ошибочным.

В законодательстве Российской Федерации слово сформирование активно употребляется. Кроме того, есть и фиксация в словаря.

Создан, закрыт - это форма краткого причастия прошедшего времени. Эта форма употребляется как часть составного сказуемого. Глагол-связка "был(а, о, и)" влияет на смысл (временнУю модальность) фразы, ср.: магазин закрыт (сейчас), магазин был закрыт (в прошлом).

Правильно: ... лет чему-либо (не чего-либо!). Верен только вариант 65 лет Великой Победе.