Раздельное написание используется при противопоставлении (объяснить не понятно, а путано), а также при интонационно-логическом подчеркивании отрицания (с ударением на частице не). В остальных случаях следует писать слитно.

Наличие противопоставления требует раздельного написания: совершенно не крупные, а мелкие ягоды. При подчеркивании отрицания раздельное написание сохраняется и в контексте наречий степени (совершенно, абсолютно, исключительно и др.).

Тире обычно не ставится, если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое – формой именительного падежа существительного. Но при логическом подчеркивании тире возможно (ср. у Маяковского: Я – гражданин Советского Союза).

Нужно либо поставить две запятые, обособив слово неглубоко, либо убрать запятую перед неглубоко. Правила допускают обособление обстоятельств, выраженных наречиями (с зависимыми словами или без них), для смыслового подчеркивания. 

Обороты с предлогом в качестве обычно не выделяются запятыми, однако они могут обособляться для попутного пояснения, смыслового выделения или подчеркивания их смысла. Окончательное решение о пунктуации принимает автор текста.

Тире обычно не ставится, если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое – формой именительного падежа существительного. Но при логическом подчеркивании тире всё-таки возможно (ср. у Маяковского: Я – гражданин Советского Союза).

Тире обычно не ставится, если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое — формой именительного падежа существительного. Тире возможно при логическом подчеркивании или при противопоставлении (Я – учитель русского языка, а ты – физик-теоретик).

Слово воображенье вполне нормативно, однако употребляется либо в поэтическом тексте (для которого важно количество слогов в строке), либо, напротив, для подчеркивания разговорного характера текста. Предложный падеж: в воображенье (в воображении).   

Предпочтительно: я собираюсь ехать на машине, на поезде. Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения, тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на пребывание внутри данного средства передвижения.

По основному правилу между частями сложноподчиненного предложения ставится запятая. При усилении вопросительного характера предложения для подчеркивания необычности расположения придаточной части перед главной вместо запятой может ставиться тире (как в приведенных случаях).