Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.

Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.

Оба варианта правильны. При наличии в количественно-именном сочетании слова несколько возможна постановка сказуемого как в форму единственного, так и в форму множественного числа. 

К сожалению, прямого указания на то, в каком падеже должны стоять однородные члены или элементы перечня, если им предшествует слово следующий, в справочниках не содержится. Есть только общая рекомендация, приведенная в «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой:

«При наличии в предложении обобщающего слова однородные члены должны согласоваться с ним в падеже. Положение это иногда нарушается, например: «Фактические данные приводятся в различных газетно-публицистических жанрах: статья, корреспонденция, очерк» (однородные члены следовало поставить в предложном падеже)».

Вместе с тем желание пишущих оставить однородные члены в именительном падеже понятно и объяснимо: слово следующий предупреждает о том, что дальше следует перечисление, а его элементы легче всего воспринимаются, если стоят в форме именительного падежа. Чем более распространены и независимы элементы перечисления (особенно если они вынесены в отдельные пункты перечня), тем более уместен именительный падеж. 

Дополнили ответ на вопрос № 204710, чтобы устранить противоречие в ответах.

Обособление сочетания через дефис не является обязательным, однако в приведенном Вами контексте оно более чем уместно.

Проясните, пожалуйста, вторую часть вопроса. 
 

Речь о деле о хранении секретных документов — это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.

Литературной норме отвечает следующее согласование:

Определение

а) необособленное определение ставится в форме мужского рода (даже при наличии в предложении собственного имени): Уже известный читателям автор Н. Петрова предложила новую статью.

б)  обособленное определение ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова, уже известная читателям, предложила новую статью.

в) определение-причастие ставится в форме женского рода независимо от порядка слов: Предложившая новую статью автор Н. Петрова уже известна читателям. Автор Н. Петрова, предложившая новую статью, уже известна читателям.

Сказуемое

а) сказуемое в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) ставится в форме мужского рода: 1) при отсутствии собственного имени; 2) если сказуемое предшествует сочетанию «рассматриваемое слово + собственное имя»: Диссертант изложил интересные наблюдения. Уже известный читателям автор предложил новую статью. Увлекательные заметки предложил редакции известный автор Н. Петрова.

б) сказуемое ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова предложила редакции увлекательные заметки. Диссертант Иванова изложила интересные наблюдения.

в) сказуемое может быть поставлено в женском роде, если его форма является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Автор – штурман авиационного женского полка ночных бомбардировщиков – посвятила свою повесть памяти боевых подруг.

Постановка определения или сказуемого в форме женского рода в условиях, не отвечающих перечисленным выше, свойственна разговорному стилю.

При наличии родового слова такие топонимы не склоняются: в микрорайоне Дагомыс, в микрорайоне Чайсовхоз. 

Кавычуки нужны при наличии родового слова. Например: ГБУЗ "Клиника Николаевская". 

При наличии родового слова вкус такие названия нужно заключать в кавычки и писать со строчной буквы: вкус «амаретто», вкус «апероль», вкус «банан», вкус «вишня», вкус «джин-тоник», вкус «дюшес», вкус «клубника», вкус «мохито», вкус «персик и манго», вкус «пинаколада», вкус «солёная карамель».

Кстати, лингвист И. Б. Левонтина посвятила подобным конструкциям отдельную главу своей книги "Русский со словарем": "Некоторое время назад в магазинах появилась серия продуктов с удивительными названиями: зефир и пастила «со вкусом йогурт», «с ароматом ваниль», «с ароматом клубника со сливками». <...> Ничто, кажется, не мешало написать «со вкусом йогурта», «с ароматом клубники» или, там, «с ванильным ароматом». Своим недоумением я поделилась со знакомыми рекламщиками, но они покачали головами: «Нет, это специально. Брендинг!» Что ж, как говорится, это многое объясняет.

Да я, в общем, и сама догадывалась, что так исковеркать русский язык можно только нарочно. Если оставить в стороне пуристические установки, логика авторов вполне понятна. Во-первых, выражения «со вкусом йогурта» и «со вкусом йогурт» не вполне тождественны по смыслу. «Со вкусом йогурта» — это, так сказать, импрессионистическое описание. А «со вкусом йогурт» — скорее номенклатурное: ну, то есть, у данной пастилы особый, определенный и всегда одинаковый вкус, который мы условно обозначили как «йогурт». Между прочим, про машины еще в глубоко советское время говорили «цвет баклажан», «цвет мокрый асфальт». Это снимало вопрос о том, какие бывают баклажаны и похожего ли они цвета. Название такое. А вот теперь эта конструкция стремительно распространяется. Живи Чичиков в наши дни, он говорил бы приказчику: «Любезный, а подай-ка мне сукнецо брусника с искрой».

Во-вторых, авторы не рассчитывают на то, что покупатель в магазине будет читать этикетку внимательно. Его глаз, скользя по полкам с товарами, выхватывает отдельные слова. И тут лучше, чтобы ключевые слова были в начальной форме.

Мелкий шрифт, творительный падеж, предлог — это все годится только для проходного «со вкусом». А вот ключевое «йогурт» — крупно и в словарном виде. <...> 

Древние говаривали: «И Цезарь не выше грамматиков» (Nec Caesar supra grammaticos). Цезарь не выше. А брендинг?"