Полагаем, что лучше выбирать из двух последних вариантов. Написания с черточкой могут восприниматься в значении 'первая группа' (ср. Новый сайт обошел сильных конкурентов и попал в топ-1 за два месяца). Два последних варианта однозначны.
ООО «Трон» — это словосочетание. Главным словом в нем является существительное общество — главное слово словосочетания общество с ограниченной ответственностью (расшифровка аббревиатуры ООО). Название «Трон» играет роль приложения. Соответственно, если со словосочетанием нужно согласовать какое-либо слово, нужно поставить это слово в средний род: ООО «Трон» заключило договор...
Мягкий знак поставлен правильно.
Дополнительный знак препинания не ставится.
В каких словах?
Слово топ в значении "рейтинг" склоняется: быть в топе.
