Лучше так: В целях подготовки необходимых документов Ваше заявление в установленном порядке направлено в соответствующее подразделение.
Обособление не требуется.
Если имеется в виду армия военно-воздушных сил и противовоздушной обороны, то запятая не нужна.
Возможный вариант: По причине того, что мое командирование не было согласовано с директором ЗАО "Ромашка", участие в заседании примет Иванов А. А.
Оба варианта возможны, при этом первый - с оттенком значения "жду конкретное задание".
Запятая при обстоятельственном обороте с предлогом в соответствии с факультативна. Подробнее см. «Справочник по пунктуации».
Для постановки запятой нет оснований.
В классическом "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой подробно описаны факторы выбора цифровой или словесной формы числительных.
При выборе учитывают следующее:
1. В цифровой форме число заметнее. По наблюдениям психологов, «первоклассники не замечают в условии задачи арифметическое данное, если оно обозначено словесно, а не в виде цифры, к чему они привыкли» (Богоявленский Д. Н. Психология усвоения знаний в школе / Д. Н. Богоявленский, Н. А. Менчинская. М., 1959. С. 169).
2. В цифровой форме дву- и многозначные числа схватываются читателем намного быстрее. Они, по-видимому, не прочитываются, не переводятся мысленно в словесную форму, а именно схватываются взглядом, что упрощает и ускоряет восприятие текста.
3. Однозначные числа в косвенных падежах в цифровой форме несколько усложняют чтение. Скорее всего, потому, что все же прочитываются в именительном падеже (после 4 заседаний — «после четыре заседаний»). Но потребность согласовать с падежом существительного вынуждает вернуться к числительному и прочитать его правильно: четырех заседаний. На это уходит время, а при словесной форме числительное сразу читается правильно.
Кроме того, имеет значение и стилистическая принадлежность текста. Так, в документах делового характера (к которым относится и автобиография) для многозначных чисел предпочтительной в подавляющем большинстве случаев является цифровая форма, поскольку она лучше, чем словесная форма, воспринимается читателями, более заметна, лучше запоминается.
Однако выбор словесной формы в Вашем тексте нельзя считать однозначно ошибочным.
Если заказчик является уполномоченным органом, то лучше поставить тире вместо запятых. Если это однородные члены, то запятая после органом не нужна. После подписания запятая не нужна.
Запятую нужно поставить, чтобы в этом длинном предложении показать, где заканчивается оборот с предлогом в связи с.
