Выбор варианта зависит от того, как будет сформулировано задание (мы не имеем отношения к составлению заданий ЕГЭ и  не знаем, есть ли в них вопрос про йогурт). Если, предположим, даны варианты ответа: а) правильно только йогурт; б) правильно только йогурт; в) допустимы оба варианта, – справедлив ответ В. Но, если необходимо выбрать из двух вариантов – йогурт или йогурт – только один, надо выбрать вариант йогурт как предпочтительный, т. к. йогурт – уходящая (практически уже ушедшая) норма, пока еще (по инерции) фиксируемая некоторыми словарями.

Оба варианта могут быть верными. Оценку их корректности в предложении следует давать с учетом авторского замысла и особенностей контекста.

Запятая нужна.

Корректно оформить предложение так: Персонал цеха перевыполнил задание по сдаче труб: при плане 44 000 тонн выпуск составил 44 467,9 тонн.

Во-первых, такого члена предложения не существует в природе. Во-вторых, вводные слова в принципе не являются членами предложения. Вводное слово может быть, например, общим для двух и более частей сложносочиненного предложения.

Ошибки в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова (версия 2014 года), размещенном на портале, нет. Различие в словарях, которое Вы обнаружили, свидетельствует об эволюции грамматической нормы. Еще в 1976 году в словаре «Грамматическая правильность русской речи» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской была отмечена тенденция к вытеснению родительного падежа со значением части винительным падежом: «При глаголах с общим значением «брать», «давать» (брать, взять, выпить, дать, купить, привезти, принести, съесть и под.) выбор падежной формы, в соответствии со старой нормой, определяется значением этой формы: винительный падеж обозначал полный охват объекта действием, определенное количество, родительный – распространение действия на часть объекта, неопределенное количество, например: Налей себе молока из кувшина (т. е. некоторую часть) – Выпей молоко, которое тебе оставлено. Такое разграничение конструкций существует еще и в настоящее время. Однако наряду с этим… различие между родительным и винительным падежом в описываемых конструкциях нейтрализуется, причем в современном употреблении родительный падеж в количественно-выделительном значении вытесняется винительным. Особенно активно этот процесс происходит в разговорной речи, в которой зафиксировано равное количество употреблений родительного и винительного падежа. Ср.: взять продуктов выпей воды, принеси молока, купить конопляного семени, принести хлеба, грибочков купить надо – брать укроп, дать сдачу, купить цветы, привезти сухари».

Действительно, глагол сдать здесь не подходит. Возможный вариант: Трое рязанцев получили положительные результаты тестов на коронавирус.