Сочетания болотистая долина, мирная территория и военные склады могут рассматриваться как нарицательные наименования, в этом случае они пишутся со строчной буквы и не заключаются в кавычки. Однако в случае употребления этих сочетаний в роли топонимов с прописной буквы следует писать первое слово, а также все слова, употребленные не в прямом значении. Кавычки при этом не используются.

Современная норма: хрусталём. Самую надежную информацию о формах слова можно получить из «Грамматического словаря русского языка» А. А. Зализняка. 

Знак препинания обязателен (но это не обязательно запятая).

Верно: будет пара недель. Слово пара должно стоять в форме именительного падежа.

Ее ситуация не подпадает под «три случая», и поэтому у нее не было и не будет права легально выбрать, что случится с ее телом.

Приведенный Вами вариант правилен.

Правильно: извне.

Проблема состоит в том, что разные ученые (в том числе и составители словарей) по-разному оценивают степень устойчивости тех или иных сочетаний, поэтому могут либо причислять, либо не причислять их к фразеологизмам. Например, в двухтомном "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова, который понимает фразеологию максимально широко, зафиксированы фразеологизмы иметь за душой (за душой ничего — это, в сущности, его вариант), душа в пятки ушла, радостно на душе. Сочетание с дорогой душой в этом длинном списке не числится, однако в нем есть со всей душой, с открытой душой, с чистой душой, так что отсутствие фразеологизма с дорогой душой можно счесть досадным упущением. Поэтому приходится констатировать, что задание некорректно, так как все приведенные в нем сочетания со словом душа можно считать фразеологически связанными. 

Не выделяются запятыми слова видишь, знаешь и т. п. в вопросительно-восклицательных предложениях (в разговорном стиле речи).