Сочетания Алая роза и Белая роза используются как условные наименования противоборствующих сторон, т. е. выступают в роли имен собственных. Ср.: Война Севера и Юга (в США).

В приведенных примерах с прописной буквы начинаются не слова автора в традиционном их понимании.

Словами автора принято называть синтаксические конструкции, которые вводят прямую речь: они содержат глагол со значением речи-мысли (говорить, сказать, воскликнуть и т. п.) или обозначают внутренние чувства говорящего, его ощущения, внутреннее состояние (вспомнить, обрадоваться, огорчиться и т. п.).

Такое пунктуационное оформление (тире, прописная буква и отсутствие абзаца) принято для текста автора, относящегося к говорящему лицу, но при этом не служащего для введения прямой речи.

Мария, первая неточность - это сочетание "черноголовая форма трясогузки". Это некорректный оборот. Честно, нам трудно представить "танцующую черноголовую форму". И второе: не перегружайте фразу деепричастным оборотом ("танцующая, склевывая"). Попробуйте выразить нужный смысл более простой по структуре синтаксической конструкцией.

Дело в том, что есть правило: в сложносочиненных предложениях запятая не ставится, если обе части предложения обладают вопросительной интонацией, например: Ты понял меня или мне объяснить еще раз? Поэтому может показаться, что на основании этого правила в рассматриваемом предложении запятую ставить не надо. Но она всё же необходима, поскольку первая часть этого предложения (Ты обманул человека) представляет собой не вопросительное, а утвердительное предложение. На этом и сделан акцент в ответе. Если бы в конце стояла точка, запятая, конечно, тоже ставилась бы, но тогда и вопроса, скорее всего, не возникло бы.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.