Предлагаем такой вариант: Джон Керри предостерег Анкару от любых действий, которые позволили бы усомниться в ее приверженности демократии и могли бы испортить отношения с союзниками по НАТО.

Нет, эти запятые ставить не нужно.

Ваши рассуждения справедливы. Заметим лишь, что в данном случае прямая речь играет роль приложения при слове фраза, поэтому двоеточие перед ней не ставится; представляется также избыточным восклицательный знак в конце прямой речи. Рекомендуемый вариант: Раньше я не думала, что фраза «Хотеть не вредно», так часто повторяемая родителями, имеет такое противоречивое значение.

В справочниках указано, что вводные слова и сочетания обычно не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения, однако в качестве примеров на это правило приводятся только случаи, когда вводное слово находится рядом с сочинительным союзом, например: И смею вас уверить, вы не ошибётесь в своём выборе; Но так или иначе, предложенный вариант вполне приемлем. Случаи с подчинительными союзами типа ведь, потому что и т. д. в справочниках не рассмотрены. Пока нет чёткой рекомендации справочников, можно посоветовать опираться на интонацию.

По общему правилу вводные слова не отделяются от союзов, стоящих в начале предложения, однако в параграфе 25.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя отмечается, что иногда, например при интонационном выделении вводного сочетания, запятая ставится: Но, к великой моей досаде, Швабрин… решительно объявил, что песня моя нехороша (П.). В Вашем случае постановка запятой уместна, потому что сочинительный союз или не образует единства с вводным сочетанием по крайней мере (сравним цельные единицы типа и действительно, но так или иначе и т. п.).

Указанная запятая не нужна. Правило таково.

Вводные слова и сочетания слов, стоящие на границе однородных членов или частей сложного предложения и относящиеся к следующему за ними слову или предложению, не отделяются от него запятой (вторая запятая опускается с целью указания на отнесенность вводного слова к последующей части предложения): Лось шел скачками в сторону озер, должно быть спешил на водопой (Пауст.); Послышался резкий стук, должно быть сорвалась ставня (Ч.). (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М.: Эксмо, 2006. § 94.)

Предпочтительно: Есть вещи, которых лучше не знать. При глаголах восприятия мысли (видеть, слышать, понимать, думать, знать, хотеть и т. п.) в конструкциях с отрицанием обычно употребляется не винительный, а родительный падеж (не знать чего-либо).

Судя по всему – вводное сочетание. Вводные слова и сочетания обычно не отделяются знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения. Корректно: Есть вещи, которых лучше не знать. И судя по всему, большинство считает, что это грамматика и пунктуация. Но для интонационного выделения вводного сочетания запятая после союза и может быть поставлена (это решает автор текста).

Правильно: Хитровцы, к гадалке не ходи, Хитровцы — к гадалке не ходи, Короче, провалюсь я, это к гадалке не ходи!, Короче, провалюсь я —  это к гадалке не ходи!, Дураку понятно: он ходил в магазин!, Дураку понятно, что он ходил в магазин. 

Еще раз советуем Вам изучить правила постановки знаков препинания в сложном бессоюзном предложении, в сложном союзном предложении, в предложении с вводными конструкциями (до этого разобравшись в том, что такое вводные конструкции). Иначе получается, что мы бесконечно  отвечаем Вам на вопросы типа "почему солнце светит и птички поют". 

Правильно раздельное написание: по крайней мере. Написание через дефис невозможно.

Слова по крайней мере могут быть выделены запятыми как вводные. Обычно запятые ставятся, если слова по крайней мере расположены после слов, с которыми связаны по смыслу: Во мне, по крайней мере, ненависть к ней часто кипела страшная! (Л. Толстой, Крейцерова соната). При ином порядке слов (когда слова по крайней мере расположены перед соотносящимися с ними по смыслу словами) обособление, как правило, не требуется: На нем появились даже краски, в глазах блеск, что-то вроде отваги или по крайней мере самоуверенности. (И. Гончаров, Обломов).