Запятая после "однако" не нужна. Предложение требует стилистической правки: "мусор, находящиеся" и "горюче-смазочные материалы и прочий мусор".

Верьте «Русскому орфографическому словарю» в  окошке «Искать на Грамоте», следует использовать дефисное написание: гейм-плей, гейм-дизайн-документ.

В словарях русского языка название этого растения не зафиксировано, в «Русском орфографическом словаре» Российской академии наук (М., 2012) закреплена только первая часть: саган, -а (растение). Чтобы ответить на Ваш вопрос, мы обратились за консультацией к проф. Иркутского государственного университета Л. И. Горбуновой, которая для нас собрала информацию об этом интересном слове.

Буряты считают, что это название бурятское, хотя есть версия, что оно могло попасть в бурятский язык из тибетского. Каковы бы ни были его корни, в русский оно вошло через бурятский.

Буквальный перевод названия – 'белое крыло'. Первая часть означает 'белый'. Такой же корень есть в широко распространенном и активно используемом в Бурятии слове Сагалган. Это национальный праздник Белого месяца. Третий звук в слове саган в бурятском языке звонкий фрикативный (как в форме Господи), по-русски он передается буквой г. Второй звук а – долгий, у бурят он обозначается удвоенной буквой а, но в русской орфографии эта долгота не отражается, пишется одинарная а.

Вторая часть названия означает 'крыло'. В русском языке ее передают как дайля или дали. Однако буряты утверждают, что в их языке нет звука й и ближе к их произношению второй вариант – дали, с ударением на втором слоге.

Бурятские слова подобной структуры в русском языке кодифицируются и в дефисном написании, и в слитном. Например, в словаре С. А. Гурулева «Географические названия Иркутской области. Топонимический словарь» (Иркутск, 2015) зафиксированы Шара-Жалга (левый приток реки Большой Задой; букв. 'желтый берег') и Харагун (название деревни; букв. 'черная глубина'). Но в практике письма чаще встречается дефисное написание.

В Бурятии в разговорной речи название обычно склоняют. Но в нейтральном и книжных стилях такое малоизвестное слово лучше по падежам не изменять. 

Вы совершенно правы. Корректны варианты: Мы далеки от понимания механизмов, лежащих в основе процесса; Механизмы, лежащие в основе процесса, ещё не изучены и т. п. 

Вопрос довольно спорный. Логически – да, слово самый используется в сочетании с качественным прилагательным для образования превосходной степени: самый сильный, самый быстрый, самый умный, а лучший – уже форма превосходной степени. Но, с другой стороны, словосочетание самый лучший не режет слух, воспринимается как корректное. Так говорят, так пишут. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова (СПб., 2003) словосочетание самый лучший свободно употребляется в словарных статьях (и в толкованиях, и в качестве иллюстраций). Поэтому, на наш взгляд, можно говорить о том, что в данном случае норма смягчилась, и, наверное, это правильно. Скажем, есть сочетание, корректность которого не вызывает сомнений: лучший из лучших. Как иначе назвать лучшего из лучших? Самый хороший или самый лучший?

Дело в том, что вы приводите ОРФОГРАФИЧЕСКОЕ правило (правило правописания), а спрашиваете - о СЛОВООБРАЗОВАТЕЛЬНЫХ законах. Это разные вещи. Слова с первой частью на -О (крово-, песно-, зверо-, басно-) по преимуществу имеют книжный характер и восходят к церковнославянизмам.

На наш взгляд, фраза неудачна.