Оборот в связи с этим обособлять не нужно. Если второе полугодие 2016 г. – это и есть отчетный период, то лучше так: В связи с этим ввод данных в ГАС Управление за следующий отчетный период (2-е полугодие 2016 г.) станет доступен с 01.01.2017. 

Слова в том числе и от американских граждан могут быть присоединительной конструкцией (т. е. носить характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания). Тогда перед ними нужна запятая. Если значения присоединения нет, знак не нужен. Окончательное решение – за автором текста.

Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.

Нарушение лексической сочетаемости есть в выражении складываются из опыта. 

В этом предложении нет присоединительного оборота и сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Запятая перед одиночным союзом и, связывающим однородные сказуемые при одном подлежащем, не ставится даже в тех случаях, когда эти сказуемые разных типов, выражены разными формами времени, наклонения и т. д. Подчеркнуть причинно-следственную связь двух ситуаций, признаков и т. д. можно лексическими средствами, например: Я много работал с этим сегментом, поэтому могу уверенно заявить, что...