В названиях организаций, учреждений, обществ с большой буквы пишется первое слово: Лондонское королевское общество. Если название усечено до двух слов, с большой буквы пишется первое слово усеченного названия: Королевское общество.
Если трест является филиалом АО «РЖДстрой», то грамматически корректно: управляющий строительно-монтажным трестом № 11 – филиалом АО «РЖДстрой». Но нужно учитывать, что в официальном названии должности должно быть точно воспроизведено официальное название организации.
Правильно: оренбургской нефти. Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся со строчной буквы, если не являются частью составных географических и административно-территориальных названий (ср.: Оренбургская область) или наименований организаций, учреждений (ср.: Оренбургский государственный университет).
Запрета на употребление аббревиатуры нет, но такой запрет может быть принят конкретными редакциями. В целом аббревиатуры ассоциируются со светскими учреждениями, поэтому сокращение РПЦ может восприниматься как наименование, не подходящее для религиозной организации.
Московская электронная школа как название организации, электронного ресурса, проекта правильно писать с заглавной буквы. Но теоретически это сочетание может быть использовано и не как название, тогда его нужно писать со строчной буквы.
Не вполне ясно, по каким грамматическим законам построено это название. Поэтому может быть только один ответ на Ваш вопрос: нужно писать это название так, как оно пишется в уставных документах организации (магазина).
В деловой речи устоялась первая из указанных Вами моделей. Однако она двусмысленна, поэтому в реквизитах деловых документов желательно название должности и организации помещать на разных строчках, а в текстах избегать подобных конструкций.
Домен – группа узлов Интернета, объединенная по тематическому, географическому принципу, принадлежности частным лицам или организациям и т. п., входящая в иерархическую структуру Сети; часть адреса ресурса, отделяемая точками и определяющая область его регистрации.
Истеблишмент – правящий, привилегированный круг людей, преимущественно в общественно-политической сфере, а также вся система власти (государственные, экономические, общественно-политические институты и организации), с помощью которых они осуществляют свое господство. Употребляется как существительное муж. рода.