В церковно-религиозных текстах Синодальный перевод обычно пишется с прописной. Вне такого употребления, в текстах общего назначения, корректно написание строчными.

Слово республика в данном случае пишется со строчной буквы. Написание с прописной правильно в полном официальном названии государства. Ср.: он занимал пост министра финансов и экономики страны.

Оформленные латиницей названия видов в биологической номенклатуре принято писать именно так: родовое название с прописной буквы, а видовое – со строчной.

Запятая не нужна. Если прямая речь стоит перед вводящими ее словами автора, то после прямой речи ставится запятая и тире, а слова автора начинаются со строчной буквы: «Мы всё прекрасно понимаем, Николай Васильевич», – съязвил про себя Солодовников, присаживаясь на белую табуретку (Шукш.). Если после прямой речи стоит вопросительный, восклицательный знак или многоточие, то эти знаки сохраняются, а запятая не ставится; слова автора, как и в первом случае, начинаются со строчной буквы: «Да проститься же надо было!..» – понял он, когда крытая машина взбиралась уже на взвоз (Шукш.); «Голубоглазый мой ангел-хранитель, что ты смотришь на меня с такой грустной тревогой?» – хотел иронически сказать Крымов (Бонд.).

Правильно со строчной: лаборатория интродукции растений. 

Дело не в том, от каких существительных образованы такие прилагательные, а в том, какую роль они играют в тексте. Выделение слов в тексте с помощью прописной буквы используется для противопоставления собственных и нарицательных имен: нарицательные имена пишутся со строчной буквы, собственные – с прописной. Ср., напр.: лев – Лев, невские берега – Александр Невский, красная шапочка – Красная Шапочка (сказочный персонаж), здоровье – журнал «Здоровье».

В слове далай-лама (это не имя, а титул первосвященника в ламаистской  церкви в Тибете, а также сам первосвященник, носящий этот титул и почитаемый в качестве живого бога в образе человека) обе части пишутся со строчной (маленькой) буквы.

Ваш вариант представляется уместным решением в этой необычной текстовой ситуации.

В приведенном Вами примере знаки препинания расставлены верно (за исключением того, что восклицательный знак следует поставить после кавычек), однако кавычки здесь нужны лишь потому, что в них заключено название упоминаемого проекта. 

Корректно со строчной: представители городской власти и церкви.