В соответствующей статье «Справочника по пунктуации» мы отмечаем, что в ряде словарей русского языка слово «наверняка» рассматривается как вводное в значении «конечно, разумеется»: Он, наверняка, опоздает. Однако примеры из художественной литературы показывают, что слово «наверняка» и в этом значении не выделяется знаками препинания.

Оба словаря являются авторитетными изданиями, отражающими современную письменную норму. Вы можете ссылаться на любой из них: не думаем, что в рекомендациях этих словарей Вы найдете большое количество разночтений (если они и обнаружатся, то, скорее, будут касаться недавно заимствованных слов, очень часто испытывающих колебания в написании). Все авторы включенного в список Минобрнауки орфографического словаря принимали участие и в работе над «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина: Бронислава Зиновьевна Букчина – один из авторов 1-го издания словаря (1999), Людмила Константиновна Чельцова – один из авторов и 1-го, и 2-го издания (2005), Инна Кузьминична Сазонова – один из рецензентов «Русского орфографического словаря».

Таким образом, принципиальной разницы – на какой словарь ссылаться – нет: авторский коллектив фактически один и тот же. Впрочем, если Вы корректируете официальный документ, имеет смысл указывать словарь Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой, т.к. в приказе Минобрнауки речь идет о словарях, в которых содержатся нормы русского языка как государственного. В повседневной редакторско-корректорской практике рекомендуем Вам пользоваться «Русским орфографическим словарем»: его словник полнее и включает в себя многие слова, недавно заимствованные русским языком и вызывающие особые трудности в написании.

Правильно так, как указано в словарях. Однако предпочтительно магИстерский (во всех значениях).

К сожалению, назвать "лучший" трудно. Есть разные критерии: объем словника, актуальность и полнота рекомендаций, авторитетность издания и др.

При запросе «надеть» нужная страница открылась.

Да, разговорная речь тоже становится предметом лексикографического описания. Например, сейчас в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН идет большая работа над «Толковым словарем русской разговорной речи». Первый выпуск этого словаря увидел свет в 2014 году.