Правильно: лимфодренажная система.
Да, склоняется: система, разработанная оружейником С. Крнкой.
Эти вопросы прекрасно освещаются в учебниках по курсу "Введение в языкознание". Не сочтите за труд посетить библиотеку. Также Вы можете воспользоваться электронным учебником Е. И. Литневской в разделе "Класс" на нашем портале.
Здесь действует следующее правило.
При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.
Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).
Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.
Правильно: Благодаря системе глубокой очистки... Постановка запятой факультативна.
Запятую нужно поставить.
Так как аббревиатура уже содержит сокращенное слово система, мы рекомендуем использовать первый вариант.