Запятая нужна. Слово думаю в этом случае вводное, оно указывает на неуверенность автора (говорящего) в сообщаемом.
Следует использовать слово что. Одна из его функций в русском языке – употребление в значении «который». Что в этом значении связывает с главным предложением придаточное, определяющее какое-либо существительное (в том числе одушевленное!) главного предложения.
Запятые ставятся. В первой строфе есть грамматическая ошибка: сердцам двум биться, как одному.
Слова, одинаковые по звучанию, но разные по значению – омонимы. Правда, бой в значении "состязание, поединок, схватка" и бой в значении "звуки, производимые дробными ударами чего-либо" нельзя назвать омонимами – это просто разные значения многозначного слова. Подробнее о многозначных словах и омонимах см. в пособии Е. Литневской.
Запятая после слова меха не нужна.
В значении "после" верно: по прибытии, по истечении срока.
