Написание в кавычках с прописной уместно в том случае, если название используется как торговое (на ценнике, в меню и т. д.): салат «Селедка под шубой». При передаче на письме бытовой речи правильно строчными без кавычек: какой Новый год без селедки под шубой!
Слово республика в данном случае пишется со строчной буквы. Написание с прописной правильно в полном официальном названии.
Корректно: под эгидой ФИФА и УЕФА. Ср.: под покровительством ФИФА и УЕФА, действовать под эгидой наблюдателей.
«Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской (М., 2008) указывает, что аббревиатура ГОСТ и в разговорной, и в письменной речи употребляется преимущественно в склоняемой форме: согласно ГОСТу, в соответствии с ГОСТом.
Оба варианта верны.
Запятая не ставится. Слова "под названием" избыточны.