Да, имеет.
Правильно: в Сергиевом Посаде.
Корректно: закапать (лекарство) в нос, в глаза...
Цитата из "Словаря трудностей", размещенного на нашем портале:
СВЕЧА, род. свечи, вин. свечу; мн. свечи и устарелое свечи, род. свечей и устаревающее свеч. В поговорке: свеч. Игра не стоит свеч. Устаревающий вариант свеч широко употреблялся в XIX веке (И. Крылов, В. Жуковский, А. Пушкин, А. Одоевский, И. Тургенев, И. Гончаров, Н. Помяловский и др.). Например, у А. Пушкина: "Ее привозят и в Собранье. Там теснота, волненье, жар, Музыки грохот, свеч блистанье..." (Евгений Онегин).
Форма мн. ч. тв. п. - свечами.
Правильно написание без кавычек.
Точно объяснить разницу вне контекста сложно, окончательный выбор делает автор текста.
Но, например, такая ситуация. Человеку сначала говорили, что незнакомая девушка красивая, а потом кто-то однажды заметил: "Она скорее привлекательная, а не красивая". И тогда человек переспросит: "Она действительно не красивая?" Здесь отрицается красота, частица не пишется отдельно.
А если человек в магазине выбрал супницу в подарок, и его друг говорит: "Эта супница некрасивая, просто уродливая, лучше ее не покупать и никогда никому не дарить". И тогда человек повернется к стоящей рядом женщине, которая точно разбирается в посуде, и спросит: "Она действительно некрасивая и уродливая?" Здесь утверждается отрицательный признак, прилагательное с не можно заменить синонимом без не, поэтому верно слитное написание.
В целом слитное написание используется чаще.
С точки зрения этимологии гончар – это горшечник. Нам неизвестно, называли ли где-нибудь и когда-нибудь кирпичника гончаром.
В сочетании не роют но́ры нет ошибки. Об употреблении винительного или родительного падежа в конструкциях с отрицанием см. статью в «Письмовнике».
Не просто дождь и плюсовая температура, а погода, и впрямь настраивающая флору на пробуждение.