Правильно: в городе Москве. Подробно см. в Письмовнике.
Это имя нужно склонять.
Именительный падеж: Исаия
Родительный падеж: Исаии
Дательный падеж: Исаии
Винительный падеж: Исаию
Творительный падеж: Исаией
Предложный падеж: об Исаии
Правильно: Поклонная гора.
Сочетание Москва-река пишется через дефис, при этом первую часть названия можно склонять, но можно и оставить несклоняемой.
С точки зрения стандартных норм орфографии корректно: программа "Мужское/женское". Однако целям графической выразительности больше соответствует вариант программа "Мужское/Женское".
Написание в кавычках со строчной буквы корректно.
Запятая не требуется, но она может быть поставлена, если автор считает, что обстоятельство в богатой семье уточняет обстоятельство в Москве. См. также ответ на вопрос 318421.