Возможные варианты: вагоны под номерами 1 и 2.
Хотя интересующие Вас глаголы и синонимичны в значениях "оказаться под воздействием, влиянием кого-, чего-л., в зависимости от кого-, чего-л." (подпасть) и "испытать воздействие, влияние каких-л. обстоятельств, обнаружить себя в каком-л. положении (обычно неблагоприятном, неприятном, опасном)" (попасть), возможность их употребления ограничена лексической сочетаемостью. Корректно: попасть под дождь, подпасть под обаяние, подпасть под санкции.
Все верно.
Корректно: под подпись.
Верно: подпадать под действие санкций. Только у глагола подпадать есть соответствующее значение.
Правильно: ознакомить сотрудников с инструкцией под подпись или под расписку.
Верно: коробка для кофе; коробка из-под кофе.
Такая конструкция возможна.
Правильно: в 3-дневный срок. Обратите внимание: не под роспись, а под подпись. См. в «Словаре трудностей»: Подпись, роспись и виза.