Корректно: Не могу понять: то ли они такие осторожные, то ли просто медлительные. Двоеточие выражает изъяснительные отношения (не могу понять чего?) в бессоюзном сложном предложении.
Правило таково. При встрече внутри предложения запятой и тире сначала ставится запятая, а после нее тире. То есть тире не поглощает запятую. В справочнике Д. Э. Розенталя это глава "Сочетание знаков препинания".
Верно: Вы можете переписываться в беседах, не отрываясь от разговора, — достаточно просто свернуть звонок. Пересчитали комментарии с учетом только уникальных пользователей, которые оставляют меньше 11 комментариев в сутки (чтобы исключить ботов), — всё равно рост от года к году.
Второе приведенное Вами предложение сложноподчиненное, тире в нем лучше не ставить.
Оба варианта возможны.
Слово звонит всегда произносится с ударением на окончании.
Верно: (Имя) посмотрел на экран телефона: как он и думал, звонил начальник из штаба. В бессоюзном сложном предложении ставится двоеточие, поскольку между частями можно добавить сочетание и увидел, что. Как он и думал — вводное предложение, указывающее на источник информации. Если начальник действительно находился в штабе, предлог из правильный.
См. ответ на вопрос № 284599.
