Если сочетание центральная судейская коллегия является официальным названием организации, подразделения то оно может писаться с заглавной буквы. Если территориальных судейских коллегий несколько, то данное сочетание слов является родовым наименованием и его нужно писать со строчной буквы. 

Да, запятые поставлены правильно.

Необходимо выделить вводные слова: Главный герой Родион Раскольников, с одной стороны, озлобленный, мнительный, с другой — добрый, сострадательный.

Знаки препинания стоят правильно.

Это устойчивый оборот. В нем прилагательное употреблено в своем словарном значении 'главный, основной; наиболее важный, значимый'. 

Если начальник отдела бухгалтерского учета и финансирования и главный бухгалтер — это две должности (соответственно, их названия являются однородными членами предложения), то вместо тире нужно поставить запятую, запятая в скобках не нужна. Если же нет (то есть названия не выступают в качестве однородных членов), то никакие знаки не нужны. 

В сочетании самый главный можно увидеть лексическую избыточность (главный — это уже самый важный, основной). Тем не менее сочетание это не ошибочно, оно широко используется и в живой речи, и в художественной литературе (как в классических, так и современных текстах). Слово самый здесь добавляет экспрессии, так что оно не лишнее.

В «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой, а также в «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной варианты произношения слова афазия разграничиваются по сфере употребления: афа́зия — общеупотребительный, афази́я — у медиков.

Не нужно обособлять обстоятельство уже с первых страниц романа и лучше использовать кавычки-елочки. Обратите внимание: слово петербургский нужно написать со строчной буквы, это слово не образует официальное название университета. Также важно, что с первых страниц романа мы знакомимся с героем, уже оставившим университет.

Спасибо за пояснение! Общепринятое название должности: главный конструктор темы.