Цитируем "Русскую грамматику" (М., 1980):

 В сочетании с числ. пять, шесть (и далее) слово человек во всех падежах выступает в формах мн. ч., образованных от основы человек-, а не от супплетивной основы форм мн. ч. лю|д'|-: человек, человекам, человеками, о человеках (пять человек, с семью человеками). В сочетании с числ. два, оба, три, четыре перечисленные словоформы мн. ч. выступают во всех падежных формах, кроме формы им. п. (не было и двух человек, речь идет о трех человеках). При сочетании с формой им. п. этих числительных выступает словоформа род. п. ед. ч. (два человека, три человека, оба человека).

При наличии определения в сочетаниях с числ. пять, шесть (и далее) во всех падежах и с числ. два, три, четыре в косв. пад. может употребляться слово люди: пять незнакомых человек и пять незнакомых людей, не было и трех взрослых человек и не было и трех взрослых людей.

Эти слова действительно пишутся с заглавной буквы, если они выступают как условные обозначения договаривающихся сторон.

Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.

Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.

Согласны с Вами. Слова "если не сказать" входят в состав присоединительного оборота, вторая запятая нужна.

Эти слова не выступают в роли вводных.

Слова казалось бы обычно выступают как вводные, но при этом слово казалось может быть и членом предложения.

Это в общем содержательно близкие контексты. В тексте договора и в приведенном примере такие слова выступают как обстоятельства (разница в том, что это либо обстоятельства места, либо обстоятельства образа действия).

Слова "с одной стороны" и "с другой стороны" могут быть вводными лишь в том случае, если они указывают на порядок сообщения мыслей, не являясь собственно частью сообщения.

Босу – краткое прилагательное в форме винительного падежа. В современном русском языке краткие прилагательные не изменяются по падежам, а в предложении выступают преимущественно в роли именной части сказуемого (девушка красива). Однако во фразеологических сочетаниях и фольклоре встречаются падежные формы кратких прилагательных (например: средь бела дня, на босу ногу, добру молодцу), это языковая архаика: в древнерусском языке краткие прилагательные склонялись.

Спасибо за вопросы!

Вы указываете на одно из самых трудных и противоречивых мест в русском правописании. Сперва о кавычках. Принципиальной разницы между сочетаниями профессия "сварщик" и специальность "математика" нет, такие сочетания желательно писать единообразно. (Впрочем, все же есть одно различие: можно составить грамматически корректное согласованное сочетание профессия сварщика и нельзя составить согласованное сочетание специальность математики; это уже трудность в области грамматики, а не в области орформления текста, хотя последнее проистекает из первого).

А как единообразно - давайте исходить из складывающейся практики письма. Если приложение - изменяемое, склоняемое слово, то в случае падежного рассогласования и возникают кавычки, которые выступают именно как графический знак рассогласования. Поэтому на практике возникают такие сочетания, как по специальности "математика", по профессии "сварщик" и т. п. Сочетания же стиль + люкс, ретро, поп, ампир, барокко и другие - это сочетания с неизменяемыми приложениями, для того чтобы дополнительно отметить эту неизменяемость, кавычки не нужны.

Это полярные случаи. Названные же Вами примеры - промежуточные между двумя полюсами, поэтому в них и наблюдается оформительский разнобой.

Теперь о запятых. Корень проблемы - в том, что считать главным, а что зависимым словом в словосочетании, ведь словосочетание подразумевает подчинительную связь между своими частями, между входящими в него словами. Таким образом проблема вновь выходит из чисто пунктуационных рамок и передвигается в сферу грамматики, то есть устройства текста, его структуры, логических отношений между словами. А эти логические отношения выстраиваются автором текста, автором мысли, сообщения. И поэтому конечное решение - при выборе одного из возможных (подчеркнем: возможных, т. е. логически непротиворечивых) вариантов - за автором текста.