В этом предложении действительно не нужны знаки препинания. Сочетание тем не менее не является вводным.

Сочетание по независимой оценке есть основания считать вводным, поскольку оно выполняет функцию, характерную для целой группы вводных конструкций, — функцию указания на источник сообщения (см. пункт г) параграфа 91 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Корректность двух последних из приведенных Вами примеров (бессоюзного сложного и сложноподчиненного предложений) не вызывает сомнений. Что касается возможности употребления сочетания становится ясно в роли вводного, то она сомнительна. Важным формальным свойством вводных конструкций является отсутствие грамматической  связи с каким-либо членами или частями предложения, из чего следует ещё одно свойство — способность занимать в предложении любую позицию: начальную, срединную, конечную. Сочетание становится ясно едва ли возможно «передвигать» из начальной позиции в какую-то другую, сравним: ^?Чрезмерное потребление, становится ясно, духовно обедняет человека; ^?Чрезмерное потребление духовно обедняет человека, становится ясно. При этом, конечно, ничто не мешает выделить эту конструкцию в срединной позиции как вставку (такое возможно с любой частью предложения): Чрезмерное потребление — становится ясно — духовно обедняет человека.

Для запятой нет оснований. Наречие одновременно не является вводным словом, хотя в данном случае и близко по значению к вводному сочетанию кроме того.

Вы правы, сочетание в конце концов здесь является обстоятельством времени (отвечает на вопрос когда?), а не вводным словом.

Слово соответственно является вводным, если употреблено в значении «следовательно, значит». В данном случае значение другое, так что выделение этого слова не требуется.

Сочетание в свою очередь не является вводным, если обозначает 'со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь', и требует обособления, если служит для смысловой связи высказываний. В приведенном Вами предложении второй случай: Предприятия могут снизить средние затраты, что, в свою очередь, способствует увеличению их рыночной стоимости.

В этих предложениях нет обособленных оборотов, а потому перед вводным словом например ставится запятая по общему правилу.

Сочетание прежде всего в значении 'в первую очередь' не является вводным: Университеты нашей цивилизации — удивительные организмы, и прежде всего они удивительны своей способностью жить гораздо дольше человеческого века.

Тире перед это нужно; сочетание прежде всего употреблено здесь в значении 'в первую очередь' и не является вводным: Стратегия конкурсанта — это прежде всего познание себя.