Верен второй вариант.
Для слоговых аббревиатур, оканчивающихся на согласный, согласование в мужском роде при наличии опорного слова иного рода (среднего, женского) - частое явление. Ср., например: МИД, ТАСС.
См. «Непростые слова».
Возможны оба варианта.
В тексте газетной статьи корректно писать это сочетание строчными. В документах - в соответствии с официальным написанием названия учреждения (как правило, первое слово в названии самостоятельного подразделения пишется с прописной).
Верно: стабильность управления кораблем.
Верно: правила управления.
Такое употребление допустимо в непринужденной разговорной речи, но не в нейтральных контекстах и тем более не в официальной речи.
Управление такое же, как и у глагола наблюдать: наблюдать за температурой (=следить, мониторить); наблюдать температуру (=видеть, отмечать).
