Да, в обоих случаях требуется дефис.
Корректно: lean-методика, лин-методика.
Выражение не хило образовано от прилагательного хилый, которое имеет общеславянское происхождение и не связано с латинским словом nihil.
Латинское nihil в русском языке можно найти, например, в таком слове, как нигилизм.
Кавычки не нужны. Прозвища и псевдонимы пишутся без кавычек (в том числе и сетевые псевдонимы).
В вопросах правописания следует ориентироваться на рекомендации орфографического словаря.
3D – это сокращение от three-dimensional (трехмерный). Кириллицей его обычно не пишут. В указанных случаях сокращение выступает в роли первой части сложного слова и пишется через дефис: 3D-книга, 3D-формат, 3D-эффект.
Верно дефисное написание.
Да, верно дефисное написание: HD-качество.