нии
НИИ... – часть сложносокращенных слов, пишется слитно, напр.: НИИнефтега́з, НИИхимпро́м, НИИтеплоприбо́р, ГипроНИИполигра́ф, ГипродорНИИ́
нии
НИИ́, неизм.; м. [прописными буквами] Буквенное сокращение: научно-исследовательский институт. Работать в НИИ.