Написание кристальный надо запомнить как исключение.  Таких слов-исключений, где двойные согласные упрощаются, не очень много, вот основные: кристальный, кристален (хотя кристалл), акапельный, акапельно (хотя а капелла), финский, Финляндия (но при этом финны), оперетка, опереточный (хотя оперетта), будёновка (хотя Будённый).

Кроме того, регулярно упрощается сочетание согласных нн перед суффиксами -к-, -чат-, -ец, -щин-, -и/ь(е), напр.: манка (манная), колонка (колонна), колончатый (колонна), трехтонка (тонна), антенка (антенна), оборонка (оборонн-ый), выделенка (выделенн-ый) и др. Упрощаются двойные согласные в уменьшительных и фамильярных формах личных имен с суффиксом -к-, напр.: Алка (Алла), Жанка (Жанна), Савка (Савва). 

Написания кристаллик, кристаллический подчиняются общему правилу, написание двойных согласных здесь сохраняется.

Выделяется запятыми определительный оборот текущего в ущелье, стоящий после определяемого слова ручейка.

Кристально чистый пишется раздельно как сочетание наречия с прилагательным.

Пунктуация корректна.

Кристально-белый следует писать через дефис как прилагательное, обозначающее цвет.

Правильно: кристально чистый, кристально честный, кристально прозрачный и т. д.

К сожалению, убедительного объяснения этому нет. Написание проверяется в словарном порядке.

Верно раздельное написание: кристально чистый.