Нет, это не паронимы. Паронимы — это либо однокоренные слова, близкие по значению или частично совпадающие в своем значении (драматический — драматичный), либо разнокоренные слова, близкие по звучанию и вследствие этого смешиваемые в речи (экскаватор — эскалатор). Близкие по звучанию, но не одинаково звучащие, как компания и кампания. 

С пунктуацией при сочетании опять же ситуация непростая. См. в нашем «Справочнике по пунктуации»:

ОПЯТЬ ЖЕ, вводное слово (в начале предложения или части сложного предложения)

Служит отсылкой к сказанному прежде, указывает на связь между предложениями; то же, что «в добавление к сказанному, к тому же, кроме того». Интонационно отделяется от последующих слов. (...)

Опять же, у мужа Катерины фельшар есть ― друг-приятель ― так он мне лекарствия дает. Ф. Решетников, Тетушка Опарина. Вот я что думаю – не покажусь я им сразу. Издаля, по-тихому присмотрюсь. Опять же, соседа вызову, посовещаемся. Г. Владимов, Верный Руслан. Опять же, ведь и не быть тебе в Чердыни весь век, всё равно увезут… А. Иванов, Сердце Пармы.

При отсутствии интонационного выделения, а также при употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова «опять же» не являются вводными и не обособляются.

Опять же только начальство знало, что из этого получится, а начальством являлись Саша и Вадик. А. Гладилин, Прогноз на завтра. Но самих сторублевок они опять же не видели... А. Рыбаков, Тяжелый песок. Гнедые бывают. Карабахские ишаки опять же… А альбинос – это феномен. М. Веллер, Белый ослик. Знаешь эти хитрые тракторы «Беларусь»? Тут тебе и экскаватор, тут тебе и бульдозер, и тяговая сила опять же. В. Аксенов, Пора, мой друг, пора. Похоже на войну, только опять же на войну ночную с редкой перестрелкой... В. Астафьев. Пролетный гусь.

@ В текстах конца 19-го – начала 20-го века слова «опять же» в начале предложения часто отделялись двоеточием. И опять же: голос его был такой, что просился в душу… К. Станюкович, На другой галс. Опять же: в бога не веровала… ни тебе помолится, ни тебе перекрестится… М. Горький, Мещане.

Корректно: Станки для восстановления соосных отверстий путём расточки и наплавки изношенного слоя металла.

Такой слогораздел тоже возможен. При этом различают фонетический слогораздел и слогораздел для переноса слов.

Можно так: экс-ка-ва-тор.

Двоеточие лучше не ставить.

Верно: мини-экскаватор-погрузчик.

Возможны варианты: и с запятыми, и без них (в зависимости от интонации).

Верно с НЕ и вариант без предлога.

Такие расшифровки на sokr.ru: дипольное электрическое зондирование, дирекция эксплуатации зданий, Дмитровский экскаваторный завод.