В указанной позиции необходима запятая, она закрывает причастный оборот. Если не поставить запятую, получится, что сочетание на 3 л. в 2 экз. характеризует не лицензию, а коммерческую тайну.

Верно: Лицензия на осуществление образовательной деятельности по направлению «Туризм».

Верно: Лицензия на осуществление образовательной деятельности по направлению «Туризм».

Использование сочетания действующая лицензия корректно, плеоназма нет. Слово действующая обращает внимание читателя, что лицензия должна быть действительна в момент предъявления.

Оборот "совершенное с применением (использованием) оружия" является определением только к сочетанию "умышленное преступление средней тяжести". 

Причастие относится к слову деятельность, поэтому, как и определяемое слово, должно стоять в форме винительного падежа. Корректно: Копия лицензии на деятельность, связанную с обращением взрывчатых материалов промышленного назначения.

Возможны оба варианта, а также вариант без слова "осуществление".

Лицензия - это и есть "право". Поэтому  верно: годовая лицензия на использование.

Да, в обоих случаях требуется пробел.

1. Должно быть со строчной: открытое акционерное общество. Ошибка исправлена.

2. Нет четко сформулированного правила на этот счет.