Слова онлайн и заявка не антонимичны (не обладают противоположным смыслом, как Вы об этом пишете). Как неизменяемое определение онлайн присоединяется дефисом к последующему существительному.

Верно: принятА.

Правильно: Ваша заявка принята.

Нужно продублировать определение: заявка о перечислении субсидии в установленный главным распорядителем бюджетных средств срок и по установленной главным распорядителем бюджетных средств форме.

Форма винительного падежа: заём. Верно: заявка на заём.

Корректная пунктуация: Можем ли мы изменить указанный вами приоритет заявки с [Crash, High] на [Medium, Low] в связи с тем, что, согласно описанию приоритетов в договоре о технической поддержке, данная заявка относится к более низкому приоритету? Концовку предложения лучше заменить на ...у данной заявки более низкий приоритет.

Действительно, в словах отсутствие заявки, поданной в службу технической поддержки подрядчика есть противоречие. Эту часть следует перестроить.

Но есть еще один спорный момент. Точно ли тот факт, что в письме нет реквизитов заявки, значит, что заявку не подали в службу технической поддержки? От этого зависит формулировка всего предложения.

Возможно, фразу следует перестроить так: Письма территориальных подразделений о несоблюдении подрядчиком условий контракта, не содержащие реквизитов заявки в службу технической поддержки подрядчика, управление будет возвращать без рассмотрения и с запросом представить объяснительную записку о причинах, по которым реквизиты заявки отсутствуют.

Верно: ...заявок на закупку.

Правильно: заявка на участие.

Запятая не ставится.