Современной орфографической норме соответствует дефисное написание: естественно-научный.

Современной орфографической норме соответствует дефисное написание: естественно-исторический, естественно-научный. Слитное написание можно увидеть в старых словарях и тех переизданиях старых словарей, которые выдаются за обновленные справочники, но которые при этом не приведены в соответствие современной письменной норме.

Современная орфографическая норма: естественно-научный. См. также ответ на вопрос № 274082.

Современная орфографическая норма: естественно-научный.  См. также ответ на вопрос № 274082.

Из правила о дефисном/слитном написании прилагательных в зависимости от соотношения основ (сочинение/подчинение) в современной письменной речи имеется очень много исключений. Фактически это правило во многих случаях не работает. Дефисному написанию прилагательных способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных -н-, -енн-, -ов-, -ск-: естественно-научный, военно-исторический, электронно-лучевой, стрелково-спортивный, гражданско-правовой, парашютно-десантный и мн. др. Число таких «неправильных» написаний неуклонно растет в течение последних десятилетий. Во всех спорных случаях следует обращаться к орфографическим словарям.

Словарная фиксация: естественно-научный.

Написание проверяется в орфографическом словаре.

Если ошибкой считать отступление от современной орфографической нормы, то слитное написание слова естественно-научный сегодня - ошибка.

На нашем портале документы цитируются дословно - по крайней мере, мы к этому стремимся. Обратите внимание, что Свод правил правописания датируется 1956 годом, а Орфографический словарь пополняется по сей день. Если при проверке орфографии возникают сомнения, нужно отдавать предпочтение более "свежему" источнику, в данном случае - Орфографическому словарю.