Мы переадресовали Ваш вопрос Наталье Ивановне Березниковой - постоянному консультанту и помощнику ГРАМОТЫ.РУ, преподавателю Карельского государственного педагогического университета. Вот что она нам написала.
В Карелии говорят и так, и этак. В финском, как и в карельском, ударение фиксируется на первом слоге. Однако при освоении русским языком слово получалось с гипердактилическим ударением, чего русский очень не любит. Так как слово вообще-то сложное, второе слабенькое ударение (на предпоследнем слоге) для русского уха было роднее и ближе. И КондопОга вроде бы закрепилось в языке. Как, кстати, и КостомУкша, хотя носители языка произносят это слово с ударением на первый слог. Однако лет 25 назад усилилось движение, чем-то схожее с пуризмом. Так сказать, восстановление исторической справедливости.Вот тогда и стали - по радио, по ТВ - звучать КОндопога, ОлОнец (вместо уже привычного ОлонЕц)... Два этих варианта произношения конкурируют. Интеллигенция ставит "воскрешенные" ударения, старые русские жители Карелии - чаще привычные, обрусевшие. Хотя... В заонежском диалекте русского языка ударение вообще фиксированное! и как раз на первом слоге! Карелы и финны, процент которых не очень велик - произносят как бог на душу положит... Так что однозначного ответа просто нет. Интересный момент - те, кто говорит КОндопога, называют жителей города "кондопожАне", а с "КондопОга" коррелирует слово "кондопОжцы". Это не абсолютно, но корреляция заметна. Прилагательное только "кондопожский" Тут и еще хватает мелких топонимических "заморочек", поскольку топонимика в основном неславянская.