Здесь проблема не в пунктуации. Предлог включая и союз в том числе обозначают одно и то же, их совместное употребление в предложении избыточно. Кроме того, хотя приведено только начало предложения, можно предположить в нем речевую недостаточность: прежде чем выделять какую-то часть из целого с помощью союза в том числе или предлога включая, нужно назвать это целое, сравним: Прошу направить информацию о компаниях, в том числе об ООО «Ромашка» / включая ООО «Ромашка».
В предложении Всё живое замерло слово всё является формой местоимения-существительного все в значении 'те, кто (что) есть, в полном составе, без исключения'.
В предложении Все ученики слушали внимательно слово все является формой местоимения-прилагательного весь в значении 'такой, к-рый рассматривается в полном объёме, без исключений относительно частей'.
Структурный параллелизм предложений говорит в пользу постановки тире перед не просто и не только. Обратим внимание, что предложения требуют редактирования. Так, слово ночь не является временем суток, а обозначает его, а термин олицетворение применяется к образам живых существ, к которым ночь (ни слово, ни явление) не относится.
Корректно слитное написание: мезоплотная, органоминеральный, органоаккумулятивный.
Поясняющее сочетание в скобках вполне может стоять в форме именительного падежа. Другое дело, что в приведенной формулировке не хватает информации для непосвященного читателя — не ясно, почему некое поле имеет название и при чем здесь Всесоюзный институт масличных культур. Очевидно, в тексте желательно упомянуть, что поле было опытно-селекционным, затем оно было преобразовано в опытную станцию по масличным культурам, а в 1932 году на базе этой станции был организован Всесоюзный научно-исследовательский институт масличных культур.
Корректно не склонять: Мы в этом городе жили в разных микрорайонах: Геолог, Ленинский, Тёплый Стан, Железнодорожный.
См. подробнее в «Письмовнике».
Корректно написание со строчной буквы: Начальное образование Галилей получил в расположенном неподалёку монастыре аббатства Валломброза (Vallombrosa Abbey), куда был принят послушником.
Тире здесь исключительно интонационное. Оно обозначает паузу между компонентами актуального членения второй части сложной синтаксической конструкции — темой а вот понимать, что именно мы чувствуем и ремой учимся у других.
При подлежащем, имеющем в своем составе собирательное существительное с количественным значением (большинство, меньшинство, ряд, часть и др.), сказуемое может стоять в единственном числе (грамматическое согласование) и во множественном числе (согласование по смыслу). В последнее время явно наметилась тенденция к согласованию по смыслу. Так что правильны оба варианта, однако предпочтительно Ряд людей зададут вопросы.