Эль-Ниньо, нескл., с.
Ответы справочной службы
Кавычки не нужны. В этом можно убедиться, обратившись к правилам употребления прописных и строчных букв в географических названиях (слово включено в ряд примеров к правилу первого параграфа).
Страница ответа