шеф, -а
Ответы справочной службы
Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.
Здесь в роли прозвища выступает дословная цитата, а значит, корректно с кавычками.
Слова с компонентом шеф образуются по-разному и, соответственно, попадают под действие разных правил. Подробно о написании части шеф рассказывается в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».