Запятая не требуется.

Однородность подлежащих определяется общим сказуемым. Главные члены односоставных предложений не могут быть однородными. В этом случае мы видим сложносочиненное предолжение, состоящее из двух односоставных частей.

В Молдове территориально-административный статус муниципия имеют несколько городов, играющих важную роль в экономической, социально-культурной, научной, политической и административной жизни страны. В научных и публицистических текстах на русском языке преимущественно употребляется термин муниципий, но, наряду с ним, встречаются и примеры с вариантом муниципия. Эта вариантность, судя по всему, объясняется тем, что два термина муниципий и муниципия используются при описании территориально-административного устройства разных государств.

Сочетание муниципий Кишинев объединяет термин, обозначающий единицу территориально-административного деления, и географическое наименование. Оно построено по традиционной синтаксической модели с двумя существительными, одно из которых выступает в качестве определения (приложения) по отношению к другому. Хорошо известны примеры сочетаний, построенных по модели «нарицательное существительное (определяемое) + приложение (определение), выраженное топонимом». Склонение или неизменяемость топонима при этом становятся предметом отдельного обсуждения (см. тематический раздел в «Письмовнике»).

В нашем случае используются термин и топоним, отнесенные к территориально-административному устройству другого государства. Поэтому корректным представляется употребление, не предполагающее склонения приложения (топонима); ср. примеры: в каждом секторе муниципия Кишинев; управление образования молодежи и спорта муниципия Кишинев; сёла граничат с муниципием Кишинев; сделки совершаются в муниципиях Кишинев, Кагул и Бельцы.

Близкая группа сочетаний — официальные московские наименования район Сокол, район Арбат, в которых имя собственное остается в форме именительного падежа при склонении родового существительного район. Обсуждаемое сочетание также можно сближать с сочетаниями типа жилой комплекс «Солнечный город», акционерное общество «Партнер», магазин «Южный», в которых приложение (эргоним) сохраняет форму именительного падежа при склонении родового имени.

Есть общее правило — существительное, употребленное в качестве имени собственного, пишется с прописной буквы. Следовательно, судьба буквы зависит от того, используется ли слово в качестве индивидуального наименования (имени, названия) чего-либо. В случае с существительными, обозначающими стороны света и территории, расположенные в этом направлении, орфографическая дилемма сохраняет свою суть: слово употреблено в его словарном значении (как нарицательное существительное) или используется как наименование (отнесенное к каким-либо объектам)? В самом лаконичном виде проблема сводится к альтернативному вопросу: используемое слово — это название чего-либо или нет? Этот параметр — название чего-либо — характеризует другие объекты, у которых есть такой признак: они связаны с территорией, обозначенной словом север, юг, запад, восток. В выражении (война) Севера и Юга существительные обозначают не территории, а жителей этих территорий. Это условное (метонимическое по типу переноса) наименование людей.

Не ясно, что подразумевает оборот или наоборот.