В сочетании с родовым словом район название Черемушки не склоняется. Верно: в районе Черемушки, из района Черемушки.

Правила как такового нет: правила русского правописания не регламентируют написание названий, оформленных латиницей. Рекомендуя не заключать в кавычки подобные названия, мы руководствуемся здравым смыслом: написание латиницей в русском тексте само по себе является выделительным, зачем нужно дополнительное выделение кавычками?

Названия станций метрополитена и остановок общественного транспорта заключаются в кавычки – в текстах, но не на картах и схемах, а также не на самих станциях и остановках.

У нас есть встречные вопросы. Названия районов, которые Вы перечисляете - это официальные наименования? Или это устоявшиеся "народные" самоназвания? Понятно, что "Хлопка" - это именно народное название. Вы планируете использовать именно его?

Прописная буква в любом случае нужна. В случае условных названий нужны и кавычки: "Азия", "Ярмарка", "Черемушки".

На наш взгляд, и при употреблении в переносном значении целесообразно сохранять прописную букву. Ср. известную фразу: В каждом городе есть свои Черёмушки (=свой микрорайон, застроенный типовыми домами), написание с прописной в данном случае рекомендуется словарями.  Со строчной буквы при переносном употреблении пишутся немногие географические названия: олимп, содом, камчатка, ходынка; традиция употребления таких названий в переносном значении уже достаточно долгая.