Запятые не нужны, однако предложение лучше перестроить: С целью контроля за соблюдением порядка использования радиочастотного спектра и радиоэлектронных средств Управлением (каким?) была направлена в Управление по Воронежской области филиала ФГУП ГРЧЦ в ЦФО заявка на проведение внепланового мероприятия по радиоконтролю. 

Верно: 1064 здания и сооружения.

Корректно: в паспорте (каком?) выданном.

Оба варианта возможны, однако фонетически корректнее: во ФГУП.

Возможны варианты: работает во ФГУП (в организации), работает на ФГУП (на предприятии).

Верно: ФГУП «Корпорация» обратилось.

Ни в одном словаре или справочнике нет примеров наращения предлога перед аббревиатурой. Но общему правилу употребления вариантов предлога в и во соответствует: во ФГУП.

Корректно: ФГУП «Ростехинвентаризация – Федеральное БТИ» в лице Московского городского филиала «Ростехинвентаризация – Федеральное БТИ» (далее – Филиал) и ТСЖ «Пятницкое» заключили договор подряда на выполнение кадастровых работ.

Словари русского языка однозначно указывают: литер – это документ, литера – буква. Но, судя по quest/1015087/" target=blank>этому ответу специалистов ФГУП «Ростехинвентаризация – Федеральное БТИ», в сфере технической инвентаризации в интересующем нас значении употребляются оба слова.

Совсем плох третий вариант с двумя знаками в конце предложения. В остальном - вопрос не орфографический, не лингвистический. Скорее, вопрос типографской эстетики. Как лучше, Вы знаете: немецкие "лапки", конечно, отличный вариант для верстки, но есть ли "руки", чтобы их последовательно проставлять?