Ответы справочной службы
Корректно: самарский Минтранс, региональное Министерство транспорта и автомобильных дорог, областной Минтранс.
Название, относящееся к родовому наименованию, заключается в кавычки и не склоняется: учиться в ГБПОУ «Самарский энергетический колледж». Ср.: учиться в Самарском энергетическом колледже.
Правильно: обучался в Самарском областном институте, с родовым наименованием ГОУ название заключается в кавычки и не склоняется: обучался в ГОУ «Самарский областной институт».