Местоимения Вы, Ваш пишутся с прописной как вежливое обращение к одному лицу. Представляется логичным следовать этому правилу и при отправке сообщения на телефон, если адресат — лицо, уважительное отношение к которому хочется подчеркнуть.

Выбор падежного окончания зависит от того, к чему относится слово отправка:

а) распоряжение об изготовлении заготовок и (об) отправке их в Москву (в распоряжении говорится, что заготовки должны быть изготовлены и отправлены в Москву);

б) распоряжение об изготовлении заготовок без упаковки и (без) отправки их в Москву (заготовки должны быть изготовлены, но не упакованы и не отправлены в Москву).

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

Такое сочетание возможно. Хотя не совсем понятна ситуация: вы отправляете груз, но не знаете времени его отправки без оповещения?

Правильно: при отправке письма (куда) в аптеки. "Школьное" правило таково: нужно проверить безударное падежное окончание при помощи слова с ударным падежным окончанием, относящегося к тому же склонению. Например: аптека - река, от аптеки - от рекИ.