Точка ставится после закрывающей кавычки. Обратите внимание, что в предложении, предваряющем цитату, нужно закрыть причастный оборот: 1. Изложить пункт 4 Инструкции _____, утвержденной приказом № ____ от ____, в следующей редакции: «Назначить начальника отдела правового обеспечения управления по правовым вопросам Иванову И. И., а в ее отсутствие — ведущего юрисконсульта отдела правового обеспечения управления по правовым вопросам Сидорову С. С. лицами, ответственными за проведение инструктажа в обществе».

Корректно: Ответственными за организацию работы по курируемым направлениям.  

Корректно: О назначении ответственных за составление и ведение Табеля учета использования рабочего времени.  

Запятая в таких случаях не нужна: слова ответственными и уполномоченными отвечают на вопрос (о назначении) кем?, а не на вопрос (о назначении) какими? и являются дополнениями, а не определениями. 

Ваша пунктуация верна. Снять неоднозначность поможет замена причастного оборота на придаточное предложение: Сотрудник Управления, который отвечает за сохранность продукции, выписываемой для продажи, а также его непосредственный руководитель несут ответственность...